德宗光绪元年，春三月，命大学士陕甘总督左宗棠督办新疆军务。初，同治元年六月，陕西回民滋事，围攻省城，并扰同州、蒲城。命皖豫督师胜保移军往讨。十月，胜保覆军，逮京赐自尽，以别州将军多隆阿代之。至二年二月，甘肃回民攻陷固原、平凉、宁夏、灵州。五月，西宁花寺回民勾结撒纳番人〈（即抱䍐羌人）〉，攻扑丹噶尔城，戎、循一带骚然。及多隆河提兵入陕，驱剿陕回几尽，将移讨甘回，以盩厔未破，亲督军攻下之。多隆阿受伤旋卒西安将军都兴阿继起视师副以提督雷正绾五月正绾会提督陶茂林军攻克平凉滇回蓝二顺袭犯西安省城副都统穆图善会同巡抚刘蓉等扑灭之时浩罕为俄罗斯所灭其别部胖色提（译言营官阿古柏收馀众保安集延适布鲁特酋思的克等滋扰新疆喀什噶尔南路回民金相印迎阿古柏出山攻陷喀城据之次第侵夺南八城阿古柏遂自称帕夏译言王也）提督业布冲额率师讨之败绩六月溃兵归至乌鲁木齐参将索焕章胁之反据汉城推陕回阿浑（译言师长妥得璘为主称淸真王焕章手刃提督进围满城陷之都统平瑞阖门死哈密吐鲁番呼图壁库尔喀喇乌苏相继失陷事闻褫常淸职授明绪伊犁将军以保恒署乌鲁木齐都统命穆图善率师出关四年五月肃州回民占据嘉峪关并陷州城五年正月安集延攻陷伊犁九城塔尔巴哈台回民复起找参赞锡霖武隆阿等据城守命西安将军库克吉奉督师新疆北路塔尔巴哈台参赞德兴阿副之八月罢总督杨岳斌以宗棠代之并督陕甘军时西捻数万扰秦中陕回甘回数十起众至百万横行腹地两省几无完土宗棠上议进兵陕西必先清关外进兵甘肃必先清陕西驻兵兰州必先清各路然后饷路常通师行无梗又定计先捻后回及七年西捻既平宗棠七月入觐询西陲帅期对以五年奏绩十月还西安定三路平回之策令提督刘松山由绥德取花马池直捣金积堡老巢为北路道员周开锡由秦趋巩讨巩昌河狄之回为南路而自与署抚刘典督诸军尽驱陕回入甘为中路遂破回巢数百十二月松山收抚镇靖堡至靖边县土匪董福祥之父世有乞降旋福祥亦降
八年二月雷正绾会道员黄鼎攻拔董志原老巢四月陕西平进兵甘肃诸路迭战皆捷八月松山克灵州
九年正月攻金积堡之马五寨松山阵亡宗棠以其兄子锦棠代统其军东自吴忠至灵州堡寨四百五十馀西自洪乐至峡口堡寨百二十馀尽平十一月克金积堡擒马五马条于是回酋马化龙自投乞抚宗棠命并其父耀邦磔之
十年三月署将军金顺提督张曜平宁夏
十一年二月收河州三月循化撒纳番人归诚十一月锦棠克西宁大通俘马寿
十二年九月宗棠督提督徐占彪等军攻克肃州磔悍酋马文禄等关内肃淸惟白彦虎