圣祖康熙九年，夏四月，河决归仁堤，淮安、扬州二府等处，田地悉被淹没。
十年，冬十月，河决桃源县，坏民堤二百五十丈。 冬十一月，河道总督王光裕疏请募夫大挑淮阳襄河，从之。
十一年，夏四月，命侍卫吴丹，学士郭廷祚阅视河工，绘图进呈。 六月，河决清水漂，高邮实应一十八州县卫被灾。
十六年，春二月，以王光裕治河无功，命解任，以靳辅为河道总督。 秋七月，靳辅条陈治河八事：一挑清江清以下，历云梯关至海口一带河身之土，以筑两岸河堤；一挑洪泽湖下流，高家偃以西，至清口，引水河一道；一加高帮润、七里墩、武家墩、高家墩、高良港至周家闸残缺单薄堤工；一筑古沟、翟家坝一带堤工，并堵塞黄淮各自决口；一闭通济闸坝，深挑运河，堵塞清水潭等处决口，以通漕船；一钱粮浩繁，须预筹画以济工需；一请裁并河工冗员，奏调干员，赴工襄事；一请设巡河官兵。章上，廷议以军兴饷绌难之辅。凡三奏，均坚持前议，帝特如所请。
十七年，秋七月，河决砀山县石将军庙及萧县九里沟二处。 是月，靳辅疏请高家堰石工再加三尺，与土堤平。然后另加土堤三尺，又高家堰，高良港一带加筑戗堤一道，从之。 冬十月，靳辅以宿、徐等州县被灾，请建减大坝一十三座，又请将清口闭断，自文华寺挑新河至七里闸，以七里闸为运口，由武家墩烂泥渡转入黄河。
十八年，夏四月，靳辅疏言：‘清水潭屡塞屡冲，山阳、高邮等七州县田亩淹没。臣筑东西长堤二道，工竣，七州县田亩全行润出，运艘民船，永可安澜。’报闻。 秋七月，靳辅疏言：‘淮河东岸，自翟家坝至周桥闸，乃淮阳运河上游门户，山盐等七州县民生关键也。当黄河循禹故道时，淮流水可直下。此地未闻水患；迨黄流南徒夺淮，淮流不能畅注，于是壅遏四漫。山阳、宝应、高邮、江都四州县，河西低洼之区，尽成泽国者，六百馀年矣。明万历初，河道废坏，虽不若今日之甚，而清口淤，高堰决，与今日情形相似。彼时河臣潘季驯，筑堤堵口，治班班效斑。然此处不议加高，盖明代祖陵在西，故停河东之障以泄水。不知如虑淮涨西侵，何难两岸并筑，而顾留患门庭历年既久，遂致成河九道，使淮阳叠受水灾。臣不能不憾潘季驯以善治河称而亦有此失者也。皇上轸念运道民生，大发帑金，命臣遍为修治。今翟家坝成河九道之处，共宽一千三百二十三丈二尺，今已合龙，更查山宝高江四州县河西诸湖亦逐渐涸出，拟设法招垦，庶几增户足民矣。’
二十一年，冬十月，河决萧家口，召靳辅来京，以萧家渡决口方议脩筑故也。先是布政使崔维雅奏上河防刍，议两河治略二书，注条列三十四事，欲更改辅所行减水坝诸法，辅详辩为不可行，至是辅至京面奏萧家渡工程来岁正月必可告竣，且力言维雅所言之谬，帝韪之。时众议尚书伊桑阿察勘河工一疏，册开不坚固不合式堤工，共一万五千馀丈，漏水堤工四千馀丈，及减水坝二座不坚固之处，应将辅撤任从重治罪。帝恐更易生手误事，仍著辅留任戴罪督修。辅回至河上，亲督工程，未几决口皆塞，水归故道。
二十二年，夏四月，靳辅疏报萧家渡工成河归故道优诏批答还辅职
二十三年冬十月帝南巡至泰安登泰山寻自宿迁临阅黄河北岸至天妃闸见水势湍急指授 河臣改为草坝另设七里太平二闸以分水势 十一月临阅高家堰谕靳辅曰观高堰地势高 于宝应高邮诸水数倍前人于此筑石堤障水实为淮扬屏蔽且使洪泽湖与淮水并力敌黄冲 刷淤沙关系最重今高堰旧口及周桥翟坝修筑虽久仍须岁岁防护不可轻视以隳前功后阅 黄河南岸谕辅妥筹善后之策勿令黄水倒灌运河帝阅河甚喜书阅河诗赐辅并赐辅佳哈御 舟及御用帷幕
二十四年春正月靳辅疏请添建黄河南岸毛城铺减水闸一王家山减水闸三北岸太谷山减 水闸二以保徐州上流堤工并于归仁堤添建石坝二拦马河及清河县运口各添建石闸一 秋九月靳辅又请添筑考城仪封阳武三县河堤七千九百八十九丈封邱县荆隆口大月堤三 百三十丈荥泽县埽工二百一十丈以防上流异涨并请增设兰阳仪封荥泽河员免开归二府 民采办靑柳均从 冬十月命河道总督靳辅按察使于成龙驰驿来京与九卿科道详议河工 事务时成龙奉命经理海口及下河事宜仍听辅节制持议与辅多不合故廷议并召入都详议 十一月靳辅于成龙至京与廷臣议河工事宜辅谓宜开大河建长堤高一丈五尺朿水一丈 以敌海潮成龙力主张开浚海口故道大学士九卿俱从辅议通政司参议成其范给事中王又 旦御史钱钰从成龙议侍读乔莱宝应人也极言辅议非是乃命尚书萨穆哈等往勘寻以开海 口无益入告
二十五年夏闰四月礼部尚书汤斌入对奏下河宜疏浚帝命侍郎孙在丰往董其事寝辅议
二十七年春三月靳辅奏中河工竣运道新通请加高筑遥堤以图永保从之寻御史郭琇陆祖 修给事中刘楷相继参辅治河无功又漕督慕天颜侍郎孙在丰因河工事互相纠参罢辅仕并 革其蘖客陈璜职衔解京监侯璜字天裔秀水布衣辅以公事过邯郸见题壁诗大为叹异因踪 迹得之礼之入幕帝阅工时尝从容问曰尔必有通今博古之人为之佐辅以璜对复以辅荐得 赐佥事道衔辅既解任调王新命为河督 夏四月靳辅至京疏论于成龙慕天颜孙在丰朋谋 倾陷状并辩明部臣勘估计需六百万两臣苦心节省止用帑二百五十一万不及部臣估计之 半而诸臣诋为糜帑营私夺田屯垦必欲陷臣杀臣而后已请帝再巡亲阅堤工更命重臣清丈 隐估田亩帝命学士凯音布等往勘至是帝谓廷臣曰前于成龙奏靳辅开中河无功今凯音布 等则云河漕两利若谓靳辅治河无功朕亦代为不平也于成龙怀挟私仇阻挠河务殊为不合今
九卿已将靳辅议罪若王新命亦顺从于成龙之说大事更张是各怀私忿贻误河工匪浅且黄 河自宿迁以下冲决犹可修治若宿迁而上或致泛滥则为害甚大因令马齐张玉书图讷前往 确勘还奏应如辅所定章程无庸改又因凯音布奏称中河所行漕艘慕天颜勒令退回支河之 口不许闭塞有旨著将慕天颜提京夹讯严追唆使之人寻天颜供称系成龙缄嘱其照此办理 帝亦不之究
二十八年春正月帝以张玉书等往阅河工回京奏言中河狭隘欲于中河立三闸以减泄之而 问靳辅则云于二三十里之闲应修小闸及涵洞所言歧异河工是非终无定论因欲亲临河上 察勘车驾至济南乘舟由中河阅视河道命于镇口闸微山湖等处开支河口其黄河运道仍存 而不废遂自清河县渡黄河至扬州泊舟镇江府之金山寺 二月帝至杭州渡钱塘谒禹陵
三月帝至淮安府阅视高家堰一带堤岸闸坝以靳辅治河有功复其官令以原品致仕有实心 任事之褒
三十一年春二月河道总督王新命因事革职复用靳辅为河督辅以老病固辞不许再赐佳哈 御舟以旌异之 三月脩浑河堤 夏四月靳辅奏请复建新庄闸以利运道又仲家闸下陶家 庄地方应添造一闸使两闸行运互相泄㵼尤于黄中两河大有禆益 冬十一月靳辅奏请于 黄河两岸栽柳种草并设立涵洞时辅力疾经画西运自清河至荥泽达三门砥柱安流无恙事 竣以病状闻命辅子副参领治豫及内大臣明珠往视寻甍于位年六十予祭葬谥文襄辅受命 治河十馀年精力俱瘁而中河之役尤百世之利论者谓功不在宋礼开会通陈瑄凿清江浦下 云 十二月以于成龙为河道总督初辅受命治河时值黄水四溃不复归海清口运道尽塞辅 因上疏言清口以下不浚筑则黄淮无归清口以上不凿引河则淮河不畅高堰之口不尽封塞 则淮分而刷河不力黄必内灌而下流清水潭亦危且黄河南岸不堤则高堰仍有隐忧北岸不 堤山以东必遭冲溃故筑堤岸疏下流塞决口俱有先后无缓急今不为一劳永